［目的］研究金針菇單核體的遺傳差異。［方法］采用常規稀釋分離法分離獲得金針菇 F1代20個單核體，對15條scot和9條ISSR引物進行了篩選，根據擴增結果采用軟件 NTsys 2.10e計算菌株間的遺傳相似系數，并對供試菌株進行聚類分析。［結果］有6條引物能擴增出條帶清晰且具豐富多態性的帶譜，共計擴增出327條清晰易辨的DNA 片段條帶，其中多態性條帶287條，占總條帶數的87.77%。菌株的SCoT分析一致度GI值為0.187 5~0.937 5，其中W2和W3，W11和W12的一致度最大，為0.937 5；W15和W18的一致度最小，為0.187 5。菌株的ISSR分析一致度GI值為0.250 0~1.000 0，W3、W4和W9，W15和W17，W16和W19的一致度最大，為1000 0；W14和W18的一致度最小，為0.250 0。這種低的遺傳一致度充分表明了金針菇菌株系列單核體間具有的較大遺傳差異。聚類分析結果表明，當相似性達到0.55的水平時，SCoT標記的20個菌株可以明顯地分為3組；當相似性達到0.66的水平時，ISSR標記的20個菌株也可以分為3組，其中W11、W18、W20 3個菌株是1組里共有的菌株。當聚到亞組時，W15和W17是共有的1組。［結論］該方法采用2種標記對單核體菌株進行遺傳多樣性分析，對金針菇育種中雜交親本的選擇具有重要的科研以及實踐意義。