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2023年04期
基于轉錄組測序方斑東風螺LPS刺激的免疫機制研究
| 作 者 | 陳宗發，洪雨潔，趙明明，王菁，王忠良 |
| 第一作者 | 陳宗發 |
| 作者單位 | 廣東海洋大學水產學院，廣東湛江 |
| 卷 號 | 51 |
| 發表年份 | 2023 |
| 發表刊期 | 4 |
| 發表頁面 | 85-91 |
| 關 鍵 字 | 方斑東方螺；轉錄組；脂多糖；免疫通路 |
| 摘 要 | ［目的］進一步挖掘方斑東風螺（Babylonia areolata）免疫系統中參與響應脂多糖刺激的重要功能基因與通路。［方法］采用Illumina HiSeqTM 2000高通量測序平臺對不同處理條件的方斑東風螺進行測序分析。所得的原始數據經質控、組裝后分別比對到KOG、Nr、Swiss-Prot和KEGG數據庫進行功能注釋，篩選差異表達基因并進行聚類分析。［結果］GO功能注釋結果顯示，多數unigenes被注釋到代謝過程（metabolic process）、催化活性（catalytic activity）和細胞過程（cellular process）。KEGG注釋結果顯示，多數差異表達基因集中于代謝通路（Metabolic pathways）(28.3%)、次生代謝物的生物合成（Biosynthesis of secondary metabolites）（8.69%）、核糖體（Ribosome）（7.47%）和內吞作用（Endocytosis）（5.84%）。對比對照組，試驗組中LPS刺激后4 h組具有9 096個差異表達基因，8 h組具有10 335個差異表達基因，而4 h組和8 h組間則存在8 756個差異表達基因，通過 KEGG 數據庫對 DEGs 進行注釋和功能富集，關注到的顯著通路包括NOD樣受體信號通路、趨化因子信號通路等。［結論］暗示脂多糖調節方斑東風螺的抗病能力通過許多通路，是一個復雜的過程，可為進一步研究方斑東風螺的免疫響應機制研究提供理論數據。 |
| 附 件 |
基于轉錄組測序方斑東風螺LPS刺激的免疫機制研究
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