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2022年14期
波紋龍蝦全長轉錄組測序分析
| 作 者 | 梁妃爽，梁華芳，孫榕澤，徐思行，溫崇慶，王偉 |
| 第一作者 | 梁妃爽 |
| 作者單位 | 廣東海洋大學水產學院,廣東湛江 |
| 卷 號 | 50 |
| 發表年份 | 2022 |
| 發表刊期 | 14 |
| 發表頁面 | 92-97, 100 |
| 關 鍵 字 | 波紋龍蝦 (Panulirus homarus)；全長轉錄組；三代測序；功能注釋 |
| 摘 要 | ［目的］獲得波紋龍蝦豐富的轉錄組信息和功能基因。［方法］利用太平洋生物平臺單分子實時測序技術，對波紋龍蝦鰓、肝胰腺、肌肉、性腺、眼柄等組織混合進行全長轉錄組測序，獲得波紋龍蝦全長轉錄文庫。［結果］單分子產出的高質量測序reads總量為71.57 G，通過測序拼接和去冗余后共獲得10 425個Unigene，平均長度為4 147 bp。使用GO、NR、Pfam、NT、KEGG、SwissProt、KOG等數據庫對全長序列進行基因功能注釋，其中9 580 條序列得到NR數據庫注釋，分別比對到358個物種，其中與鉤蝦(Hyalella azteca)基因相似的序列最多，為3 865個；有7 585條序列得到GO注釋；KOG功能注釋將7 436條單基因簇分為26個功能組分，其中一般功能預測的最多，為1 421條；KEGG注釋結果發現，心肌細胞的腎上腺素能信號、病毒性心肌炎、心臟肌肉收縮中注釋的基因較多，分別為289、254和236條。［結論］通過全長轉錄組測序數據分析及功能注釋，為進一步了解波紋龍蝦的生物學特性、基因功能、相關代謝途徑和信號通路等提供理論基礎，為后續研究提供參考。 |
| 附 件 |
波紋龍蝦全長轉錄組測序分析
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