2019年08期

樹鼩腸道菌群多樣性與功能預測研究

作  者 楊學芳,李波,鄭紅,曹雪,王利梅
第一作者 楊學芳
作者單位 昆明醫科大學科研實驗中心,云南昆明
卷  號 47
發表年份 2019
發表刊期 8
發表頁面 101-103,113
關  鍵  字 樹鼩;腸道菌群;16S rRNA;菌株功能
摘  要 [目的]鑒定樹鼩的腸道菌群,分析樹鼩腸道菌群多樣性和豐度,并進行菌群功能預測。[方法]隨機采集3份雄性樹鼩糞便樣品,提取樹鼩糞便中細菌基因組DNA,通過PCR擴增獲得16S rRNA V3~V4片段,采用高通量Illumina PE300 平臺進行測序,利用BIPES以及QIIME分析并比較菌群結構及多樣性。最后,通過PICRUS t軟件對腸道菌群的功能進行預測。[結果]樹鼩腸道糞便細菌有9門20綱33目53屬122種208個OTU。門水平上,優勢菌群為厚壁菌門(Firmicutes)和變形菌門(Proteobacteria);屬水平上,埃希氏桿菌屬(Escherichia)、乳酸菌屬(Lactobacillus)和腸球菌屬(Enterocossus)為優勢菌群。PICRUS t功能預測結果表明,腸道細菌編碼的大多數基因與代謝相關,其次是基因信息加工、環境信息加工。COG功能分類分析表明腸道微生物基因在“氨基酸的運輸和代謝”和“碳水化合物運輸與代謝”功能類群的相對豐度較高。[結論]PICRUS t功能預測到樹鼩腸道菌群主要與代謝相關,樹鼩腸道菌群是研究腸道菌群與代謝類疾病的一種良好試驗材料。
附  件 樹鼩腸道菌群多樣性與功能預測研究
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